Статус института, бывший факультет под одноименным названием, получил в феврале 1997 года в числе первых в вузе в результате возросшего числа специальностей, подготавливаемых в нем и образцовой постановки работы по всем направлениям деятельности.

Получению этого статуса предшествовал почти 40-летний путь становления и развития института в рамках факультета.

 Подготовка инженеров в области строительства по специальностям «Теплогазоснабжение и вентиляция» (ТГВ) и «Водоснабжение и канализация» (ВК) проводилась с первого года работы вуза с 1958 года. В первые 7 лет подготовка этих специалистов осуществлялась в составе строительного, затем технологического факультетов. В 1965 году специальности ТГВ и ВК были выделены в самостоятельный санитарно-технический факультет. К этому времени по этим специальностям было сделано 3 выпуска по дневной форме обучения и 2 – по вечерней. Первым деканом факультета стал Николай Филиппович Южалкин, опытный производственник, специалист в области теплотехники. Первой выпускающей кафедрой по обеим специальностям  была кафедра «Санитарная техника». У её истоков были специалисты-практики, инженеры Н.Ф. Южалкин (первый заведующий), В.П. Зафиевский, Н.М. Сильванович, Н.Я. Шумкин, вскоре получивший звание доцента и затем возглавивший кафедру в 1962 году, Н.Н. Назаров, Л.И. Сучков, М.Л. Вестерблом, Т.А. Стрелюхина, Я.Я. Станиславов, А.М. Гаврилова. Первым преподавателем на кафедре с ученой степенью кандидата наук стал М.Я. Елисеев, который возглавлял кафедру (1960-1962 гг.).

В составе санитарно-технического факультета первоначально было 5 кафедр: высшая математика (зав. кафедрой кандидат физико-математических наук, доцент И.И. Рябцев), политическая экономика (зав. кафедрой кандидат экономических наук, доцент И.П. Емельянов), физика (зав. кафедрой кандидат технических наук, доцент В.Я. Астафьев), химия (зав. кафедрой профессор П.Р. Таубе) и санитарная техника. В 1970 году в рамках факультета была создана кафедра «Автоматизация производства и электротехника (и.о. зав. кафедрой доцент В.С. Екатеринин - 1970-1987гг.).

Постепенно санитарно-технический факультет наращивал свой авторитет, кропотливо занимаясь учебно-воспитательной работой, развитием научных исследований и материальной базы кафедр. В этом есть большая заслуга его первых деканов Н.В. Южалкина и Е.С. Кащеева - опытных производственников с богатым жизненным опытом.

Евгений Савельевич Кащеев, прошедший рядовым солдатом всю Отечественную войну, особенно ценил и любил студентов, был непосредственным участником всех студенческих мероприятий, ходил всегда с ними в агитпоходы, участвовал в художественной самодеятельности. Он обладал поэтическим даром. Его авторские стихи (был выпущен сборник его стихов) носили высоконравственный и патриотический характер. К 25-летию вуза выпускник ТГВ В. Конягин на его слова написал музыку «Вальса Пензенского ИСИ», и сегодня звучащего на всех торжественных мероприятиях университета.

В 1976-1978гг. факультет возглавлял кандидат технических наук, доцент Н.Б. Серебряков, специалист в области водоснабжения и канализации, одновременно работающий заведующим кафедрой, участник Великой отечественной войны.

В 1978 году его на должность декана избрана кандидат технических наук, доцент Т.А. Стрелюхина, возглавлявшая факультет, а затем и институт.

 В 1984 году факультет сменил своё название, он переименован факультетом инженерных систем и сооружений (ФИСиС) (1984-1997 гг.).

 В 1980-е годы заметно выросло качество работы факультета. Он окреп в кадровом отношении, учебная, методическая, научная и воспитательная работы приобрели системность.

Выпускающие кафедры ТГВ и ВК пополнились кандидатами наук, многие из которых были воспитанниками факультета, окончившими аспирантуры в других вузах: С.Г. Прохоров, Б.И. Свинухов, С.А. Ошкампе, И.М. Квашнин, И.А. Обухов, С.В. Баканова, Н.В. Аржаева, В.А. Алымов, Б.М. Гришин, И.А. Каледа, Н.И. Ишева и др. По конкурсу были приняты высококва-лифицированные специалисты кандидаты наук М.Я. Кордон, А.А. Губарев, Ю.И. Вдовин, Ю.И. Юнкеров, М.Ф. Митин, доктор технических наук, профессор В.А. Майоров. На  кафедре ТГВ была открыта аспирантура.

В целях совершенствования организации учебного процесса принимались меры реорганизационного характера. В состав факультета была введена кафедра геодезии, кафедра ТГВ разделена на кафедры «Отопление и вентиляция» (зав. кафедрой кандидат технических наук, доцент А.И. Еремкин) и «Теплотехника и теплоснабжение» (зав. кафедрой кандидат технических наук, доцент С.Г. Прохоров).

В 1995 году в составе факультета открывается третья специальность «Инженерная защита окружающей среды» (ИЗОС), а в 1998 году – четвертая «Гидротехническое строительство». С открытием этих специальностей образуются новые кафедры «Инженерная экология» (зав. кафедрой кандидат технических наук, профессор В.В. Арбузов) и «Гидротехническое строительство» (зав. кафедрой кандидат технических наук, профессор И.А. Каледа).

С открытием специальности ИЗОС факультет сменил свое название, он стал институтом инженерной экологии.

1990-е годы стали переломным периодом в качественном составе научно-педагогических кадров и уровне работы коллектива: доктором наук стал заведующий кафедрой физики Г.И. Грейсух, кафедра Водоснабжение и водоотведение – Ю.И. Вдовин. На кафедру «Инженерной экологии» по конкурсу был принят доктор технических наук, профессор А.Г. Ветошкин. Звание профессора получили А.И. Ерёмкин, А.М. Данилов, В.В. Арбузов, И.М. Крышов. Все кафедры пополнились новым поколением кандидатов наук, среди которых и выпускники собственной аспирантуры В.В. Демидочкин, И.А. Лушкин, М.В. Бикунова, С.А. Кусакина.

В 1999 году институт перешел на двухуровневую систему подготовки выпускников по двум ветвям образования.

В 2000-е годы в составе института 6 кафедр: «Теплогазоснабжение и вентиляция» (зав. кафедрой доктор технических наук, профессор А.И. Ерёмкин), «Водоснабжение и водоотведение» (зав. кафедрой доктор технических наук, профессор Б.М. Гришин), «Инженерная экология» (зав. кафедрой доктор технических наук, профессор В.С. Демьянова), «Гидротехническое строительство» (зав. кафедрой кандидат технических наук, профессор И.А. Каледа), «Математика и математическое моделирование» (зав. кафедрой доктор технических наук, профессор А.М. Данилов), физика (зав. кафедрой доктор технических наук, профессор Г.И. Грейсух).

Профессорско-преподавательский состав кафедр имеет высокую квалификацию, 70% преподавателей имеют ученые звания и степени, в их числе профессора, доктора наук А.И. Еремкин, Т.И. Королева, В.А. Майоров, А.Г. Аверкин, Б.М. Гришин, В.С. Демьянова, В.К. Марьин, А.М. Данилов, Г.И. Грейсух, Г.А. Фокин, Н.А. Гукасов, С.Ю. Андреев. Под их руководством проводятся научные исследования и подготовка научно-педагогических кадров.

На кафедрах ТГВ, ВиВ и ИЭ открыты аспирантуры. В институте работает объединенный диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций по научным специальностям «Теплогазоснабжение, вентиляция и кондиционирование воздуха и освещение», «Водоснабжение, канализация, строительные системы охраны воздушных ресурсов» и «Экология».

В 2008 году должность декана избран кандидат технических наук, доцент А.А. Кузьмишкин.

Тематика научных исследований ученых кафедр охватывает широкий круг проблем, касающихся строительства, ресурсо- и энергосбережения, охраны окружающей среды, моделирования процессов при разработке строительных материалов, компьютерной оптики и др.

Систематически модернизируется лабораторная база кафедр, оборудованы классы информатики при кафедрах ТГВ, ИЭ, физики, ВиВ.

В ходе реструктуризации института инженерной экологии, кафедры “Водоснабжения и водоотведения” и “Гидротехническое строительство” были объединены в кафедру “Водоснабжение, водоотведение и гидравлики”, а в результате присоединение к институту кафедры “Химия”, образовалась новая кафедра “Физика и химия”.
В составе университета институт является образцовым по организации учебно-воспитательного процесса и научно-методической работе.

В учебном процессе используются новейшие технологии: обучающие программы (свыше 250), тестовый контроль, рейтинговая система и др. Многие виды практик проходят на пензенских предприятиях (АО «Волгосантехмонтаж», АО «Волгопромвентиляция», «Тепловые сети», ООО «Горводоканал», Сурский гидроузел и др.).

Качественной постановке учебного процесса способствует целенаправленная научно-методическая работа кафедр института. Это издания наших учёных: д.т.н., проф. Еремкина А.И., Королёвой Т.И., Аверкина А.Г., Данилова А.М., Гарькиной И.А., Грейсух Г.И., Демьяновой В.С., Гришина Б.М., Андреева  С.Ю.

Накопленный научно-методический опыт преподаватели публикуют в многочисленных изданиях.

Много лет институт является базовым при проведении региональных конкурсов по специальностям строительного профиля и Всероссийского – по направлению «Защита окружающей среды».

Институт славен своими достижениями в художественной самодеятельности, спорте и многих других общественных мероприятий. Предпочтение этому институту отдают многие абитуриенты, зная, что там лучшие условия для проявления своих талантов. Из стен института вышли поколения известных в Пензе и за её пределами артисты, спортсмены, общественные деятели.

Долгие годы в деканате, работают специалист по учебно-методической работе Чичирова Наталья Петровна, отличающаяся высокой ответственностью и добрым нравом. Большую часть вопросов, касающихся студентов, работы она решает оперативно и с большой инициативой и ответственностью.

10 июля 2015 года на должность исполняющего обязанности декана института Инженерной экологии был назначен к.т.н., доцент Кочергин А.С.